学校对期刊的管理实行分级办刊、统一管理。学校由一名校领导分管期刊工作,校期刊中心为具体的管理部门。校期刊中心除了统一负责有公开刊号期刊的协调、指导、监督和检查以外,具体负责由学校直接承办期刊的办刊和日常管理工作。挂靠学院(部、处、医院)期刊的日常管理工作由有关学院(部、处、医院)具体负责。在期刊管理过程中,自觉接受党委的领导和党委宣传部对期刊工作的指导,建立人文社会科学期刊稿件的送审制度。学校直接承办的期刊挂靠校期刊中心,其他期刊挂靠在相应的院(医院)、部(处)等二级单位,各二级单位作为期刊的具体挂靠单位应对期刊的办刊经费给予支持,并负责期刊出版和人员的日常管理。
西安交通大学期刊中心是原西安交通大学、西安医科大学、陕西财经学院合并后组建的,中心直接承办的期刊有: